FTP по дефиниция използва TCP транспортния протокол и не използва UDP за своите транспортни цели. Обикновено протокол на приложния слой ще използва едното или другото. Едно важно изключение от това правило е DNS. FTP също е нещо различно поради факта, че използва два порта за да изпълни задачата си. Той обикновено използва порт 20 за прехвърляне на данни и порт 21 за слушане на команди. Също така е вярно, че прехвърлянето на данни през FTP порт 20 не е задължително и може да се извърши и през друг порт. Това става объркващо за много потребители. FTP има два режима на работа – активен и пасивен. И двете се стартират от FTP клиента и след това действат от FTP сървъра.
Активен FTP
В активен режим FTP клиентът се свързва от случаен непривилегирован порт (N, който обикновено е 20) към командния FTP порт на FTP сървъра, който е порт 21. След това клиентът започва да слуша порт N + 1 и изпраща команда към FTP сървър. След това сървърът се свързва обратно към посочения от клиента порт за данни от неговия локален. От гледна точка на защитната стена от страна на сървъра, за да поддържат FTP в активен режим, тези портове трябва да бъдат отворени: порт 21 на FTP сървъра отвсякъде (клиентът инициира връзка); Порт на FTP сървъра 21 до портове > 1023 (Сървърът отговаря на контролния порт на клиента); Порт 20 на FTP сървъра до портове > 1023 (Сървърът инициира връзка за данни към порта за данни на клиента); Порт 20 на FTP сървъра от портове > 1023 (Клиентът изпраща ACK към порта за данни на сървъра).
Пасивен FTP
В този режим FTP клиентът инициира две връзки към FTP сървъра. Трябва също така да имаме предвид, че и двете връзки използват самите ефимерни портове и това е добре. Чрез отваряне на две връзки с FTP сървъра, клиентът може да реши проблема със защитната си стена, която отказва достъп до FTP сървъра, като инициира контакт на един от високите ефимерни портове на клиента. Една от връзките, отворена от клиента, ще се свърже със сървъра на FTP порт 21 и ще му издаде командата PASV (пасивна), като използва стандартната команда PORT при използване на активен FTP. Това, което се случва е, че FTP сървърът отваря ефимерен порт и издава командата PORT на FTP клиента. Имайки това, клиентът след това започва връзка обратно към FTP порта на сървъра за трансфер на данни.